הארגון קיים למן הקמתו רמת מידור גבוהה יותר מאשר היה נהוג על ידי ארגוני טרור פלסטינים אחרים. למעט אבו איאד עצמו, ידעו רק מתי מעט את גודלו והיקפו של ספטמבר השחור. הארגון היה מורכב משני מעגלים: הראשון, כלל רק את בני טיפוחיו של אבו איאד, ביניהם ניתן למנות את מוחמד ע'ודה, הידוע בכינויו אבו דאוד (שהיה המוח מאחורי פעולת טבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן), פאחרי אל עומרי, אמין אל הינדי (לימים עמד בראש המודיעין הכללי ברשות הפלסטינית) ועאטף בסיסו (לימים שגריר אש"ף בפריז). במעגל השני היו סייענים, רובם צעירים פלסטינים שהתגוררו באירופה, חלקם נשואים למקומיים, אשר שימשו לפעולות של לוגיסטיקה בשרות המאבק הפלסטיני. סה"כ מעריכים כי לרשות ספטמבר השחור עמדו כ- 100 סייענים שכאלה.
פעולמת הנקמה הראשונה של הארגון הייתה רציחתו של ואספי תל, אחד ממקורביו של המלך חוסיין אשר היה ידוע בגישתו כנגד הפת"ח ונחשב כאחד האנשים ששכנעו את המלך הירדני לפעול בנחרצות כנגד הפת"ח. פעולתו הבאה של הארגון הייתה נסיון התנקשות בשגריר ירדן בלונדון. השגריר נצל מן הניסיון, אך ידו רוסקה. בין נובמבר 1971 עד למאי 1972 עסק הארגון בשרשרת של פעילויות נוספות כנגד ירדנים ויעדים המזוהים עם המשטר הירדני.
היקף הפעילות של ספטמבר השחור הפתיע את ממשלת ישראל. עד מאי 1972 כוונו כל הפעולות של הארגון כנגד ירדן, וממשלת ישראל דווחה על ידי שרותי המודיעין שלה כי הארגון מעוניין לפגוע רק במטרות ירדניות. אולם ב-8 במאי 1972 חטף הארגון מטוס של חברת התעופה "סבנה" בטיסה 571 לנמל התעופה לוד; המטוס ונוסעיו חולצו מקץ יממה בפעולה של סיירת מטכ"ל. גם לאחר חטיפת מטוס סבנה היו מי שטענו כי החטיפה בוצעה רק בגלל קרבתה הגאוגרפית של ישראל לירדן.
פעולת הטרור הידועה ביותר של "ספטמבר השחור" היא רצח אחד-עשר הספורטאים הישראלים באולימפיאדת מינכן ב- cWww The Acai Hr Lafayette Louisiana Metropolitan Area ספטמבר השחור (ארגון טרור) – ויקיq דיהq m a a Acai Berry fWww The Acai Hr Lafayette Louisiana Metropolitan Area ספטמבר השחור (ארגון טרור) – ויקיq דיהf r Berry